Предназначение группы специализированных микроскопов - особые виды наблюдений, появлению которых мы обязаны быстрому развитию науки и техники. К примеру, стереоскопический бинокулярный микроскоп, предоставляет возможность получить трехмерное изображение с увеличением до 100 раз. Данные модели применяют в хирургии, а также с целью сборки технических деталей и при сборке микроскопических электронных элементов. Принцип работы поляризованного микроскопа основан на применении поляризованного света. Благодаря такому микроскопу можно видеть строение объекта, находящегося за пределами стандартного микроскопического разрешения. В микроскопе отражательного действия вместо линз используются зеркала. Это один из самых редких видов специализированных приборов, основное предназначение которого – помощь при микрохирургии отдельных клеток. В последние годы широкое распространение в медицине (определение онкологических заболеваний) и в биологии получил такой вид специализированных микроскопов как микроскоп люминесцентный. В процессе изучения изображения такой микроскоп обеспечивает его ультрафиолетом или же просто синим цветом. Для изучения прозрачных объектов применяются темнопольные микроскопы. Изображение объекта получают благодаря «косому» свету. Принцип контрастности позволяет изучить светлое изображение объекта на темном фоне. При изучении живых прозрачных клеток прибегают к помощи фазово-контрастных микроскопов. Сдвинутое по фазе освещение позволяет добиться эффекта контрастности. Схожим принципом действия обладает и интерференционный микроскоп. Взаимодействие двух лучей, один из которых освещает объект, а другой – отражается от объекта, позволяет получить наиболее полную информацию о состоянии живой клетки или организма.